高新院创院院长为哈工大（深圳）党委书记、管理科学与工程学科带头人吴德林教授，汇集了世界银行原高级副行长、首席经济学家林毅夫教授，中国第一位会计学女博士、厦门大学会计发展研究中心主任曲晓辉教授，国际食物政策研究所（IFPRI）高级研究员、北京大学国家发展研究院讲座教授张晓波教授，美国乔治华盛顿大学终身教授、健康经济学专家黄成教授，中国人民大学风险资本与网络经济研究中心主任、气候变化与低碳经济研究中心主任杨志教授，中国机构编制管理研究会副会长、全国MPA教指委委员兼评估认证组组长、国家社科重大项目首席专家孙涛教授，中国人民大学发展中国家经济研究中心主任彭刚教授等一批专家学者，带领青年专职研究员和博士后队伍，形成高质量、跨学科的教学科研团队。

高新院秉承开放式发展路径，强调与国家、广东省、深圳市有关政府部门、社科机构合作，深化与企业交流，加强与联合国世界知识产权组织（WIPO）、哈佛大学、乔治华盛顿大学、埃默里大学、约翰霍普金斯大学、佐治亚大学、约克大学、图卢兹大学、北京大学、人民大学、香港中文大学、西南政法大学等国内外重要政策研究平台的学术联系，建设学术与政策研究交流高端平台。